Филогения вируса Африканской чумы свиней, основанная на сравнительном анализе и байесовском выводе для ряда протеинов

Abstract

Филогенетические взаимоотношения генотипов вируса АЧС остаются предметом дискуссий. Использование кладистического анализа по отношению к генам MGF110 12L, 13L и 14L позволило предложить гипотезу, описывающую филогенетические взаимоотно-шения генотипов АЧС. Основываясь на этой гипотезе, переукоренены байесовские выводы для генов MGF110 12L, MGF360 13L, A859L, D1133L и D129L 16 тотально секвенирован-ных изолятов вируса АЧС. Показано существование двух сестринских ветвей (субклад), включающих в себя, с одной стороны, генотипы VIII, XI и X, а с другой – генотипы I, II, I/VII, IV, XX/I и V/I, каждая из которых в свою очередь делится на две субклады. Показаны некоторые несоответствия гипотезе, объяснённые возможными рекомбинационно/конверсионными событиями между генотипами.